2024年11月12日，北醫(yī)三院基礎醫(yī)學研究中心毛鳳彪研究員、生殖醫(yī)學中心趙曉璐副研究員團隊與北京大學基礎醫(yī)學院李開龍副研究員聯(lián)合在Nucleic Acids Research（《核酸研究》IF:16.6）雜志上在線發(fā)表題為《CRISPRepi: CRISPR表觀基因組編輯的多組學圖譜》（CRISPRepi: a multi-omic atlas for CRISPR-based epigenome editing）的研究論文。
論文截圖
研究團隊整合了來自多種表觀基因組編輯系統(tǒng)的組學數(shù)據(jù)，包括RNA-seq、ChIP-seq、Bisulfite-seq以及ATAC-seq等數(shù)據(jù)，構建了一個涵蓋人類和小鼠等6個物種的多組學數(shù)據(jù)庫——CRISPRepi。該數(shù)據(jù)庫聚焦于表觀基因組編輯多組學數(shù)據(jù)的收錄和整合，旨在幫助研究人員搜索和選擇最佳的編輯設計，為評估基于CRISPR的表觀基因組編輯系統(tǒng)的編輯效率和脫靶效應提供了一個綜合的資源平臺。
表觀遺傳在基因表達調控中扮演著至關重要的角色，基于CRISPR的表觀基因組編輯技術（epigenome editing）可將CRISPR系統(tǒng)的靶向能力與表觀遺傳信息的重塑相結合，為研究人員提供了探索基因表達調控機制的新途徑，因此在基因功能研究領域備受關注。選擇高效的編輯系統(tǒng)是表觀編輯的關鍵，然而，隨著各種編輯系統(tǒng)在不同物種和細胞類型中的應用日益廣泛，相關數(shù)據(jù)分散，科研人員難以獲取全面信息以評估不同編輯系統(tǒng)的準確性。除此之外，如何設計最佳的sgRNA 用于功能研究也相當具有挑戰(zhàn)性。
CRISPRepi收集整合了6個物種的多種組學數(shù)據(jù)，包括人類、小鼠、擬南芥、黑腹果蠅、褐家鼠和大腸桿菌，共計671個精心整理的RNA-seq、ChIP-seq、Bisulfite-seq、CUT&Tag和ATAC-seq數(shù)據(jù)集，涉及87種細胞類型，283個靶基因，74種表觀基因組編輯系統(tǒng)，5種Cas蛋白和35種效應蛋白，以及5962條sgRNA。CRISPRepi整合了用于分析編輯結果和評估脫靶效應的工具，能夠分析編輯前后的基因表達變化，以及相應表觀遺傳圖譜的改變。此外，CRISPRepi支持研究者在細胞/組織特異性背景下研究新設計的sgRNA序列的編輯潛力。
CRISPRepi概覽
CRISPRepi為研究人員提供了表觀編輯前后轉錄組測序的數(shù)據(jù)分析結果，包括基因表達定量、差異表達基因分析、差異表達基因的GO、KEGG富集分析結果以及GSEA分析，并通過可視化的圖表進行了展示。此外，平臺還提供了表觀編輯前后樣本的表觀遺傳修飾的組學數(shù)據(jù)如甲基化測序、染色質免疫共沉淀測序和染色質可及性測序數(shù)據(jù)的分析結果，主要包括差異區(qū)域鑒定和脫靶評估。差異區(qū)域和表觀遺傳圖譜通過JBrowse進行可視化展示，方便用戶直接查看編輯效率。用戶在主頁可以通過靶基因、編輯系統(tǒng)、數(shù)據(jù)集編號進行快速搜索，還可以通過限定相同細胞類型和相同靶基因等比較不同編輯系統(tǒng)的編輯效應，從而幫助選擇適合自己的編輯系統(tǒng)和sgRNA。
CRISPRepi數(shù)據(jù)庫的建立旨在解決表觀基因組編輯數(shù)據(jù)分散的問題，為科研人員提供一個強大而便捷的工具，有助于深入了解不同編輯系統(tǒng)的效果，優(yōu)化sgRNA設計，評估脫靶效應，推動表觀基因組編輯技術在基因功能研究和疾病治療等領域的應用。
未來，研究團隊計劃進一步擴大數(shù)據(jù)集覆蓋范圍并整合先進的分析工具，同時探索與其他生物信息算法的集成，以不斷提升數(shù)據(jù)庫的功能和實用性。
點擊下方鏈接http://crisprepi.maolab.org/ 或http://crisprepi.lilab-pkuhsc.org/，免費訪問CRISPRepi數(shù)據(jù)庫。
北京大學基礎醫(yī)學院李開龍副研究員、北醫(yī)三院基礎醫(yī)學研究中心毛鳳彪研究員和北醫(yī)三院生殖醫(yī)學中心趙曉璐副研究員為該論文的共同通訊作者。北京大學第三醫(yī)院博士后史雷勝、中山大學附屬第三醫(yī)院李莎莎副研究員、北京大學基礎醫(yī)學院2020級八年制本科生朱榮祎、中山大學附屬第三醫(yī)院魯晨陽副研究員為論文的并列第一作者。此項目由國家自然科學基金、國家重點研發(fā)計劃、北京市科技新星計劃、北京市自然科學基金、北京大學臨床醫(yī)學+X青年專項、北京大學第三醫(yī)院臨床重點項目（人才引進）及國家資助博士后研究人員計劃等資助。
北醫(yī)三院毛鳳彪/趙曉璐團隊長期致力于腫瘤發(fā)生和細胞發(fā)育的表觀調控機制研究，近五年，在Nucleic Acids Research、Signal Transduction and Targeted Therapy、Genes & Development、Cell Reports、Briefings in Bioinformatics等國內外知名期刊發(fā)表相關SCI論文20余篇。
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39530233/。
作者簡介
共同第一作者
史雷勝
北京大學第三醫(yī)院基礎醫(yī)學研究中心助理研究員
共同通訊作者
趙曉璐
北京大學第三醫(yī)院生殖醫(yī)學科副研究員、博士生導師
主要研究方向：婦科腫瘤發(fā)生和胚胎發(fā)育的表觀遺傳調控機制
毛鳳彪
北京大學第三醫(yī)院基礎醫(yī)學研究中心研究員、博士生導師
主要研究方向：腫瘤發(fā)生發(fā)展和細胞發(fā)育的遺傳學及表觀遺傳機制
（北京大學第三醫(yī)院）